2011年12月9日金曜日

論文管理アプリケーション Papers の 使い方

これは論文管理アプリPapers 2.1(青い家)のお話しです(赤い家(Papers 1.x)もありました).いまでは,論文以外にも,自分が作成したプレゼン資料や誰かからもらった資料の管理にも使えるようになっています.

Mendeleyには,いろいろと共感するし,応援したくもなるんですが,でもまだ全然使えないなぁという印象.アプリケーションとしては,Papers の方が比べものにならないほど洗練されています.Papers が下火になってほしくないなぁと思ってこれを書きました.

一度,赤い家を使っていた時にも書いたのですけどね.コチラ.Mac を使っている人には,オススメします.79USドルです.学割で40% ディスカウント.30日間は無料なのでとりあえず使ってみてはどうでしょうか? 使ってみれば安いことがわかります.

ちなみに,僕は Mendeleyをちゃんと使った事ないし,有償アプリとしては有名なEndNote も使った事ありません.比較してどちらが良いかというのは正確には分かりません.

 


では,使い方の紹介.



論文検索&書誌情報の取得

Get1 papers一番左側のカラムにある [Search] をクリックして検索画面を開きます.

検索窓でタイトルでも入力して検索すれば,見つかるでしょう.

カンタン!

検索して出てきた論文をダブルクリックすれば,新しいタブが開き,書誌情報のあるWebサイトに飛びます.複数を指定して,一括で取り込むこともできます.後述するTips にある検索トークンを使うとさらにスムーズです.



PDFの取得

Change2 Papers新しく開いたタブには,書誌情報のあるWebサイトが表示されてます.

WebサイトにあるPDFのリンクをクリックすれば,PDFを取得できます(図の左円).

カンタン.

PDF取得後,右下にある紙と地球の図のボタンを使えば,取得PDFとWebサイトの表意を切り替えられます(図び右円).Supplement が欲しい時などは,再度Webサイトにもどって,取得します(次を参照).



SUPPLEMENTARY !!

青い家に移ってきてからこれができるようになりました.これはかなり重宝してます.便利です.最近は Supplement を読まないと,実験方法や解析方法がわからないこと多々ありますよね.

Getsupple4 papers

Web サイトを表示しておいて, Supplement のリンクをクリックすると(上図,左)

・Download PDF as
supplemental data
・Create new paper
for downloaded PDF
・Replace current PDF
with newly
downloaded PDF

と聞かれるので Download PDF as supplemental data を選択.論文PDFとは別途保存される.カンタン.

右のカラムの [Supplements] をクリックすると保存された Supplements が一覧されます(上図,右).ファイルをダブルクリックすればアプリケーションから開きますし,スペースキーを押せばポップアップ表示で簡易的に見られます.

Supplement をいくつでも保存することができます!
movie ファイル とか,いろんな形式のSupplementを保存できます!



Web ブラウザからPapersに取り込みたい!


まず,準備.
こちらのSupport サイトに行きます.

Step 2 の下にある [Open in Papers] をWeb ブラウザの ブックマークバーにドラッグ&ドロップで移動します.

これで準備は終わり.カンタン.

インターネットサーフィンをして,およっ,と思った論文があれば,ブックマークバーにある [Open in Papers]をクリックすればOK.



Pubmed など論文検索サイトでない場合,書誌情報がなくて,自分で書誌情報が入力しないといけないことがあります.その場合は,Papers で検索した方が簡単かもしれません.



さて,取得した論文を読む時は.

Read7 Papers
  • [View]-[Read Full Screen]
  • [Command + Shift + F ]
  • 下側にある [Read Fullscreen] をクリック

上記の方法でどれでもどうぞ.

ノート(右側の円) 画面の下にカーソルもっていくとバーが表示されるので,その一番左をクリックすると,ノートが表示され,書き込めるようになる.
ハイライト(左上の円) 本文中の文字を選択して,右クリックで [Highlight selection]ハイライトになっている文字を右クリックすると [Change Highlight Color] があり,ハイライトの色を変えられます.
キャプション(左上の円2つ目) 適当なところで右クリックし,[Make a note]をクリック.

※ ハイライト,キャプションについてはまだ少し使いにくくて,作成したあとにキャプションの位置などを変更できなかったりします.

僕は,PDF を Adobe acrobat で開いて,acrobat の注釈機能を使ってます.Adobe acrobat で作成した注釈をRead Full screen で読むことはできます.Papersで保存したPDFは [Open PDF with ...] で任意のアプリケーションで開けます.



取得した情報は出力してこそ!

Ref8 Papers


これもPapersの大きな特徴の1つです!カンタンにアウトプット.

  • ショートカットキーを押す(左図が表示).
  • キーワードを入れます.
  • 結果が出るので,選択してEnterを押す.
  • Enterを押したその指で!? 続けてキーワードを入力.
  • 次の検索結果が出てきます.
  • また選択して Enterを押します.

気がすむだけ繰り返し,気がすんだら,

  • 例えば,[ Insert Formatted Reference ] を選択して,Enter を押す.
  • 選択した複数の論文について,書式の整った書誌情報が出力できる.


多くのアプリケーションに対応しています.場合によって,[Insert Formatted Reference] が選択できない時がありますが,[Copy to Clipboard] を選択すればいいだけです.そして, ペースト(貼り付け)!スゴイカンタン!!

これは,プレゼンや報告書などせいぜい10個程度の参考文献ですむ場合に便利です.論文を作成する時などたくさんの参考文献のリストを作りたい時は,Collection (タグに相当)に集めて,一括で出力すれば良いと思います.

RefSet Papers
ショートカットキーの設定や書誌情報の書式などの設定は [Papers]-[Preference ...] を開いて,Manuscripts で行います(右図).

Favorite Styles をプルダウンし,moreを選択すると,たくさんの書式が用意されています.プレビューを見ながら,書式を選択できます.現在(2011 Dec. 09)のところ,1405 の書式があるみたいですね.

Papers を開いて,真ん中のカラムで論文を選択して [右クリック]-[Copy] とかおなじみのショートカットキー Ctrl + C でコピーして貼り付けても,書式が整えられた書誌情報を貼り付けられます.



その他の機能

  • iPhone/iPadと同期.
  • 検索は Pubmed,Google Scholar,Web of Science など多くのデータベースから選択して使えます.単独にもできるし,複数を組み合わせても使える.
  • Keyword
    • タブですね.
  • Collection
    • 左カラムにフォルダのように表示されている Collection も便利です.上記で紹介したKeyword とは違うけどタブに相当します(同じ論文を異なる Collection に入れらます).3種類の Collection があります.
    • Manual Collection: 手動で論文を分類して使う.
    • Smart Collection: 条件を設定しておくと,自動的に分類される.これが便利.
    • LiVfe Collection: 他のPapers ユーザーと議論する時に使う.ダレカト ツカッテミタイ.



Tips


検索トークン(blue search token)

Get1 papers


キーワードを入れたあとにEnterを押すと,ブルーの背景で囲まれ,右側に矢印が出てきます(右図).

矢印をクリックすると,そのワードが 何を表すのか指定できます.トークンを覚えておけば,キーボードから指定して入力することも可能です.

・主なトークン
Title, [ti: ]; Author, [au: ]; 1st Author, [1au: ]; Last Author, [lastau: ]; Soruce or Journal, [so: ];
・複雑な検索方法については コチラ

検索トークンは赤い家(Papers 1.x)の時からあった機能でしたが,青い家が新築された時(Papers2.0)ではなくなっていました.だけど,復活.欲しい論文がある時,タイトルを入れて検索すれば,トークンを使わなくてもだいたいヒットしますが,完璧とは言えなかった.トークンがあれば, 完璧と言っていい.


PDFが取得できない場合は...
URL5 Papers
ご くごくごくごくたまに,検索結果から開いたWebサイトにPDFのリンクがないことがあります.その時は,図の矢印のあたりをダブルクリックすると,URLを直接入力できるます.あらかじめ Webブラウザから Google さんに「****(title, author など) filetype:pdf」とPDFのありかを聞いておいて,そのURLを入力すればOKです.

ちなみに,前述したとおり,Web ブラウザで見ているサイトを Papers で開くブックマークレットもあります


ポップアップで論文内容表示

Tips1 Papers

真ん中のカラム下側に,Cover Flow,Preview,Thumbnails のいずれかで表示できます.が,少し小さかったりします.Cover Flow,Thumbnails では最初のページしか表示されませんしね.

そんな時は,真ん中のカラムで論文を選択しておいて,スペースキーを押すと,ポップアップでPDFが表示されます.ページもスクロールできるし,便利です.上下の矢印キーで次々に論文を選択すれば,ポップアップに他の論文が次々と表示されます.




PS.
Wired が日本でも創刊されて,最近 Vol. 2が発売になっていて,Mendeley が特集されていました.Webでも読めます,こちら.Papersも登場してきます.

科学論文のオンラインデータベースというアイデアには、まったく前例がないわけではない。Zote Ro、Papers、CiteULikeといったオンライン/デスクトップでの研究調査支援サーヴィスはすでに存在している。
WIRED 知のシェア – 学術論文における理論と実践

Mendeleyのやっていることは革命的な事だと思ってます.僕も「そろそろ学術雑誌とかいらないんじゃないの!? 」とは思っていましたが,Mendeley の発展次第では本当にそうなるような気もしています.それくらい凄いと思ってます.

さらに凄いなと思ったのは,Social な機能があって,論文毎にどの分野の人が読んだのか,など読者の情報がわかったり,お互いにコメントをしあったりできるのは面白いなと思いました.かなりマイナーな論文でも読者の統計がでてきます(読んでる人が複数人います).

CiteULike を1年くらいだったか使っていたのですが,CiteULikeでは自分と同じ論文を読んでいる人のリストがでてくるのですが,そのリストを眺めるのは面白かったです.同じ目的で読んでいそうな人もいれば,全く違う文脈で読んでいいそうな人もいた(こういうのは,我々日本とか地理的に不利な国にとって有意義な事だと思います.話題がそれるので,またそれは今度に).

それにしても,Mendeley は登録者が圧倒的におおい.これを書いている時点(2011年12月09日)で1,400,994人の登録,119,482グループがあります.さすがにそれは驚異的です.独占的になったら嫌だなぁと思ったので,Papers を応援する意味で,これを書きました.

Papers にも Pepers Livfe というSocial な機能はあるのですが,自分の持っている Nature,Science 論文を見てもコメントがついているのを見つけられなかった.たぶんSocial な機能を使っている人が少ない.

(UIとしては使いやすいので,研究室のみんなが Papers を使っているのなら,Livfe Collections というグループ機能が便利に利用できるような気がします).

Mendeleyで凄いなと思ったのは,コンセプトとSocial な機能くらいで,アプリはしょぼい...やっている事は応援したいと思わせるので,良いアプリなら乗り換えようと思って3時間くらいいろいろと見ましたが,残念ながらPapersとは比較にならないです.Papersの方が良い.逆にMendeley は無料とはいえ,なんでこんなに人気なのかなぁ.






10 件のコメント:

匿名 さんのコメント...

文系の研究者です。Endnote やmendely はかなり試しているのですが、paperは使ったことがなく ご自分で使った情報有り難うございます。Mendeley はEndnote に比べ簡単に使えますが、たしかに文献管理だけだとまだ不満なところがあります。
paperについて、2点質問です。Ipad で使った場合の使い心地はどうでしょう?例えば、annotation はできますか。また日本語の論文への対応はどうでしょうか。kiremimi

Shika さんのコメント...

コメントありがとうございます.残念ながら,データベースに日本語の論文がほとんど入っていない & iPadはもっていない...です.

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iPhoneで使っているので,そちらについて書きます.

データベースの同期:
同じWiFiネットワーク内につなぐことで,データベースをMacとiPhone を同期することができます.PDFもiPhoneにダウンロードされます(PDFを同期するかは選択できるようになっていて,条件などで設定する).

Dropbox, iDisk にも対応していますが,データベースをそこに置いていても,それで同期することはできない様子.同期していなかったPDFをとってくるなどに使えます.

(もちろんMacと同期しなくても,iPhone 単体でも使えます)

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注釈機能:
Annotateは,iPhoneだとできないですが(たぶん),iPadではできるようですね.http://www.mekentosj.com/papers/ipad

上記でも書きましたが,いまのところ,Mac版では注釈機能はいくつか使いにくい点があります(iPad版で同様かはわかりません).下記に僕にとって問題になっている点3つを挙げます.

(Mac 版です)
・PDFに注釈をつけたあとにPDFの先頭ページを削除したことがあり(あまり無いことですが),そうすると削除する前に2ページ目につけた注釈は削除後も2ページ目にあって,つまり,注釈と本文が1ページだけずれてしまいました.
・Papers内で付けた注釈が他のアプリケーション(Preview,Adobe acrobat)では表示されない.Preview,Adobe acrobat で付けた注釈はPapersで表示されます.
・注釈のついたPDFをPapersから印刷しようとすると,例えばハイライトの部分は塗りつぶされて文字が読めない.

なので,少々不安もあり,PDFの注釈,印刷は Preview もしくは Adobe acrobat を使っています.

PDFを印刷しないし,自分だけで完結する(Papersだけ使用,他アプリで使う可能性ゼロ)という使い方だったら,今のままでも問題はないような気もします.

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日本語対応:
「iPadの日本語対応」についてわかりませんが,MacやiPhoneでは,日本語PDF表示は問題ありません(数は少ないですが.サンプル10くらい).また,Notes に日本語を入力することは頻繁にありますが,その入力で今のところ困ったこともありません.

Papers 内でGoogle scholarによる日本語の検索を2,3 試してみました.CiNii にある文献がヒットしましたが,タイトル,著者,雑誌名,日付,は自動で入力されてます.ただし名前は,アプリケーション内での表示は「Firstname Lastname」なので,日本語だと違和感があります.これが変更できるかはわかりません.もちろん,参考文献一覧として出力する時には,Preferenceで設定すれば,さまざまなフォーマットで出力できます(「Lastname, Firstname」, 「initials Lasname」 など).

こんな感じです.

匿名 さんのコメント...

ありがとうございます。試してくださったんですね。とても参考になりました。Mendeley ではIpad では同期しないし(ウェブにリンクするだけ)、papers のほうが私の目的に合うかもしれません。endnotes は結構複雑ですから、papers が使い方がやさしいといいのですが。ただacrobat で注釈するとなるとMac が必要なので、(Ipad の方が、日本語の書籍は読み易い)難しいところ。やはり読み/注釈と文献整理は違うソフトにするしかないのでしょうね。
なかなか理想的なソフトはまだないようですが、endnotes ばかり使っていた一昔前に比べると、格段の進歩ではあります。ありがとうございました。

匿名 さんのコメント...

試してくださったんですね。ありがとうございます。とても参考になりました。PAPERS のほうがよさそうですけど、やはり注釈は別のソフトを使うしかなさそうですね。でもmendeley ではIpad との同期が不完全でリンクだけなので、呼び込む手間がかかります。やはりpapers が良いのかもしれません。ありがとうございました

匿名 さんのコメント...

海外で免疫学の研究をしているものです。
有用な情報をありがとうございました。私もpapers1のころから使っておりましたが、supplementaryの保存と、pdfとwebページを行き来出来る機能は大変に便利に感じています。
一つ質問なのですが、二台のmac間の同期に関して試みになられたことはあるでしょうか。MekentoshJのサポートを見たりもしていますが、どうもなかなか良い方法がないようです。特に私の今の環境はdropboxにアクセス出来ないようになっておりますので。。ご意見いただければ幸いです。

Shika さんのコメント...

> 二台のmac間の同期に関して試みになられたことはあるでしょうか。

あります.以前はAppleのMobileMe(iDisk),現在はDropboxで同期をとっています.どちらも問題なくできます.Dropboxでは,2台のMacが同じネットワークにある場合に,サーバーを介さずに直接ファイルを送ってくれて同期が早いので,使っています.

同期は,
PapersのライブラリフォルダをDropboxなどのファイルサーバにおいておき,2つのマシンにあるPapersの設定で,ライブラリフォルダをサーバーにあるフォルダに指定すればOKです.[Preference...]-[Library],Papers Library Folder Location:で指定します.

> 特に私の今の環境はdropboxにアクセス出来ないようになっておりますので。。

Dropboxでなくとも,大学や研究所のファイルサーバーなどにライブラリフォルダをおいて,それを各Macと同期すれば大丈夫なはずです(サーバーによっては,同期に別途アプリケーションが必要かもしれませんが).

えーと,大学や研究所のサーバにライブラリフォルダを置いておき,そこにネットワーク外部からアクセスできないとなると,面倒ではあるのですが,パッと思いつくのは,
1.片方のMacがMacBookならば,MacBookをネットワーク内部に持ってきた時に同期する(←解決になっていないような気もしますがw),
2.常にUSBにコピーして持ち歩く(Mac1 ←同期→ USB ←同期→ Mac2,試したことなし),
とかですかね.

PS.
ネットワークを介して同期している2つのPapersを,同時に起動した時にはご注意を.

同期している1つのマシンでPapersを開いたままにして,もう一方のマシンのPapersも起動すると,警告が出てます.警告を無視して起動すると,新しいDatabase*.papersdbというファイルが作成されます.同期している2つのMacでPapersを起動して,2つともにデータベースを更新すると,再起動した時には新しく更新した方のデータベースに上書きされます.基本的には,Papersは利用が終わったら,閉じておいた方が無難です(あたりまえか!?).ネットワークにつながっていれば警告が出てくれますが,つながっていないと警告すら出ませんので,上書きにご注意を.

ただ,片方のPapersが閲覧するのみならば,閲覧した方のPapersを先に閉じて,データベースを更新した方のPapersを後から閉じれば,特に問題なしです.同期が完了し,Papersを再起動すれば,上書きして,後に閉じて更新した方のDatabase.papersdbで起動してくれます.

匿名 さんのコメント...

papersの同期について伺ったものです。アドバイスを頂き誠にありがとうございます。また、お礼が遅くなって誠に申し訳ありませんでした。このブログを見失ってしまっておりました。。。
仰るとおりサーバーへの外部からの接続も難しい状況です。ので、結局今は、
ipad版papersを使って、ipadをつなぎとして2台のmacを同期しています(やはり根本的解決ではないですが)。これの良い点はmac-ipad間は自動に動悸されることで、悩ましい点は、どうもipad版papersはsupplementの保存ができないようで、2台目のmacにはsupplementが同期されないことです。
ともあれ、情報をいただき誠にありがとうございました。

匿名 さんのコメント...

基本的な質問ですみません.あるcollectionに登録してある論文をそのcollectionからはずすにはどうしたらよいのでしょうか?

Shika さんのコメント...

collectionの中にある論文を選択して、
・Delete key を押す。
・もしくは、[Edit]-[Delete]をクリック
で、Collectionから外れました。削除されるわけでなく、LIBRARYのPapersの方には残っているはずです。

collection 1からcollection 2へ、コピーではなく、移動したい場合は、command key を押しながらドラッグ&ドロップでできました。http://bit.ly/19CTTcz

匿名 さんのコメント...

collectionに関してありがとうございました.